故事从暗影击败泰坦后开始，他逃离即将崩坏的暗影之门以后，和自己的梅儿隐居在北方的一个不为人知的村庄中，此时梅儿已经怀有身孕。
但是暗影头脑也跟着他们到了那里，并潜伏于梅儿身体里，而后寄生在出生孩子身上。因为孩子刚出生便带有暗影之力，梅儿直接暴毙而亡，而暗影则感受到了暗影头脑寄生在孩子身上，便与头脑的野兽战在一处，恶战过后，暗影击倒了野兽并手弑了孩子，随后独自一人踏上了苦修之。
令暗影没想到的是，被的野兽和孩子只是暗影能量铸造的分身，真正的早就被头脑带走。他们界各地暗影能量，让这种物质感染、渗透到每个人的身体中，但出去的只是很小的一部分，他们自身的力量远比这大得多，而他们的目标只有向暗影复仇并重新建立像泰坦一样对世界的。
以他们自身的力量是难以击败苦修之后的暗影和他的盟友的，于是二者设定了一个计划——长远的计划。他们首先在北方军团村落挑选了一个能承受大量暗影能量的孩子，即主角，并将暗影之血埋在他身体里，使他体内能装下暗影头脑。之后他们去了王朝，将一大部分能量储存在暗影球中，献给王朝君主，又向军团，促使二派系不和从而开战，而暗影球之后交给圆顶先锋研究。
一切准备完成后，真等到主角长大，化为侦察兵/女粉丝（跟主角性别一样），传出暗影仍活在军团的信息，并隐藏起来。
这时玩家的故事开始了，中途会得到侦察兵/女粉丝的多次暗示与帮助，目的都是为了让变强，早日找到暗影球，而暗影此时也被真的假信息，以为主角就是，而使用加速器可以创造一个全新的、有梅儿的世界，便也开始准备。
十年以后，暗影了整个帮你看清已婚男人军团，灭掉了王朝与先锋，要与决一死战，在暗影战败后，莫伊拉将“头脑”丢入了加速器，让其产生巨幅爆炸，世界……了吗？并不是这样，加速器的真正功能其实是让大量暗影能量整个世界，同时炸死在附近所有强大的战士，防止他们真的大业，这样真就了整个世界，因为他/她的暗影力量最为强大。
可让真没料到的是，每一个单独的暗影粒子都拥有自己独特的意识，之前被他们分离在暗影球中的“头脑”也具有了自己的意识，他想这个世界，于是他在最终决战前留了个后手，让博洛在自己被送入加速器之前用时间机器马上把主角送到过去，让主角有办法整件事情的发生。
主角穿越到了过去，化为陌生人（因为稳定性最高），与头脑先接触并分别在三个不同的时间线改变了众人对主角的看法，让他们真正团结起来，于是众人一同击败了暗影并防止莫伊拉将头脑丢入加速器，了真的计划，陌生人也像暗影说明了逝者不可再生的真理，让暗影珍惜当下这些“亲人”们。
这时真出现，要亲自众人实现计划，因为暗影和主角一行都受到重创，难以击败真和他那庞大的暗影之力。最后陌生人以命相搏，才成功创造了机会，让暗影和主角一起击败了真，而陌生人也随之死去。